微生物肥料可以作基肥、追肥，可溝施或穴施，也可用來拌種、浸種、蘸根或葉面噴施，具體因菌肥類型而異。
農用菌型每畝用2公斤固態菌劑與40~60公斤腐熟有機肥混合均勻后作基肥、追肥或育苗；將固態菌劑與營養土摻勻制作營養缽，或與稀泥漿混拌，在苗木移栽前蘸根；播前將種子浸入10～20倍菌劑稀釋液或用稀釋液噴濕。使種子與液態生物菌劑充分接觸后再播種；幼苗移栽前將根系浸入稀釋10～20倍的液態菌劑中，然后立即取出，或用上述稀釋液噴濕幼苗根系；將菌劑稀釋100倍后用于灌根或沖施；將菌劑稀釋500倍作葉面肥。
復合微生物肥可作基肥和追肥，每畝施用量10～20公斤；稀釋500倍作葉面肥，按產品說明書要求噴施。
生物有機肥可作基肥和追肥，作基肥時每畝施用量約100公斤，最好配施適量農家肥；作追肥用量適當減少，比化肥提前7～10天施入，且應配施適量化肥。
此外，當土壤氮、磷、鉀養分含量較高或大量施用氮、磷、鉀化肥時，根瘤菌、解磷、解鉀菌肥的效果下降，甚至受到抑制，例如氮肥施用過量就會抑制根瘤菌的活動，降低根瘤的固氮作用。此外注意，菌肥中的有益微生物是有生命的，因此在貯存時不能與農藥、化肥和過酸、過堿物質混放；不要與大量化肥或酸堿性化肥混施；土壤過酸、過堿成干旱都影菌肥效應發揮。
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