尿素可以作基肥和追肥施用，一般不直接做種肥。因為掌握不好，高濃度的尿素會影響種子發芽和幼根生長。如果必須做種肥施用，要與種子分開，而且尿素的用量也不宜多。
1基肥
尿素作基肥施用時，其施用量要精打細算，因為尿素的含氮量高，是高濃度氮肥，施用量一定要適當，否則會造成營養失調，降低氮素利用率。用尿素作基肥一定要施入土層的一定深度，尤其是在微堿性的石灰性土壤上，如果表施尿素，氨的揮發損失量比碳酸氫銨還要嚴重，可達30%～60% 。
2追肥
糧食作物在分孽期或拔節期施用，可采用溝施或穴施，施肥后覆土蓋嚴，防止水解后氨的揮發。尿素在土施作追肥時，施肥時期要比硫酸銨、碳酸氫銨等其他速效氮肥品種提前幾天施用，因為尿素只有轉化成銨態氮后才可大量被作物吸收。到底提前多少天，要看季節和溫度，早春天氣（低溫10℃）要提前6～7天，春末夏初(16～20℃)提前3～4天，夏季提前1～2天即可。在砂土地上漏水漏肥較嚴重，每次肥量不宜過多。
科學施用尿素應注意以下事項：
(1)尿素作追肥用時，既可以土施于作物根尖部，也適宜于作葉面噴施。
(2)尿素適用于各種作物的葉面噴施，合適的濃度一般為0.2%～2.0%之間，因作物種類和生育期而有所不同。尿素葉面噴施時，一定要注意副成分縮二脲的含量要低于0.5%。
(3)尿素不適合作種肥，主要是因為含氮量高，與種子同時使用容易造成出苗不齊和燒苗。有的尿素質量不好，含有一定量的縮二脲對種予發芽和幼苗有毒害作用。
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