目前，我國畜禽糞便堆肥化處理工藝有靜態堆漚、條垛式堆肥、槽式堆肥和反應器堆肥4種。
靜態堆漚指傳統農業生產中的自然發酵，堆體底部可布置曝氣系統，具有運行成本低、發酵周期長、占地面積大、產品質量不穩定等特點，在農村分散性有機廢棄物處理中應用較多。
條垛式堆肥指將有機廢棄物原料堆置成條垛型，發酵過程中利用自走式翻堆機對堆體進行翻拋，從而促進有機廢棄物快速發酵的一種簡易化堆肥處理技術，具有投資成本低、占地面積大、操作環境差、臭氣不可控、發酵易受環境溫度影響等特點，主要適用于中小規模養殖場廢棄物處理。
槽式堆肥一般在密閉式發酵車間內進行，通過將有機廢棄物原料堆置在發酵槽前端，利用槽式翻拋機移動物料，并在發酵槽底部布置曝氣系統，使物料實現快速腐熟。槽式堆肥具有處理量大、發酵周期短、自動化程度高、臭氣可收集處理、土建投資成本較高等特點，適用于大型規模養殖場廢棄物集中處理。
反應器堆肥指將有機廢棄物放置于一體化堆肥反應器內，通過曝氣、攪拌等功能實現廢棄物的快速發酵腐熟，具有處理量小、發酵周期短、處理效果好、一次性投資成本高等特點，主要適用于小型養殖場廢棄物處理。
通常，堆肥產品可作為有機肥產品的基礎原料，如果堆肥產品主要用于農場自身，則達到無害化要求、實現完全腐熟即可使用；如果堆肥產品用于加工商品有機肥產品，則應按照有機肥產品標準要求進一步加工生產。
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